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Bis in die frühen 1980er Jahre kam es zu einem Rückgang der Sturmtaucher-Population durch die Menschen, vor allem auf Madeira. Die größte Bedrohung der Gelbschnabel-Sturmtaucher ist gegenwärtig die Zerstörung ihrer Brutplätze durch die Einführung von exotischen Pflanzen, die Gefährdung der Küken durch verwilderte Katzen, Ratten und andere eingeführte Säugetiere, der Fang und die Tötung von ausgewachsenen Tieren durch Vandalismus, die Kollision von Jungvögeln mit Fahrzeugen, der zufällige Beifang bei der Fischerei und die Desorientierung durch künstliche Lichter. Zwar gibt es keine detaillierte Studien über die Auswirkungen der verschiedenen Bedrohungen, aber vermutlich ist die Zahl der Vögel, die durch den Verkehr getötet werden, auf den Azoren sehr klein. Auch der Verlust durch Vandalismus oder Köder ist äußerst gering, zumal die Bevölkerung sehr für den Schutz des Vogels sensibilisiert ist. Hinsichtlich der Zerstörung von Lebensräumen durch Besiedlung sind die Klippen, wo die Vögel nisten, kaum betroffen. Der Gelbschnabel-Sturmtaucher hat mit seinen beiden Unterarten (Calonectris diomedea diomedea und Calonectris diomedea borealis) rechtlichen Schutz durch das Dekret-Gesetz Nr. 140/99 vom 24. April, die Umsetzung der Vogelschutz-Richtlinie 79/409/EWG vom 2. April 1979, geändert durch das Dekret-Gesetz 49/2005 vom 24. Februar - Anhang I. Das Dekret-Gesetz Nr. 316/89 vom 22. September ist die Umsetzung in innerstaatliches Recht der Berner Übereinkunft – Anhang II. Die regionale Durchführungsverordnung Nr. 14/2004/A zielt auf die Ausweisung besonderer Schutzgebiete auf den Azoren im Sinne von Artikel 3 der regionalen Gesetzesverordnung Nr. 18/2002/A vom 16. Mai. Darin werden die Vögel, die besonderen Schutz im Archipel genießen, in Anhang XI aufgeführt. Sie sind auch enthalten in der Liste der Vogelwelt des Anhangs I der Richtlinie Nr. 79/409/EWG. Diese Vogelarten sind: Calonectris diomedea borealis, Sterna hirundo, Sterna dougalli und Puffinus assimilis baroli. Die Gebiete der Azoren, die unter dieses Gesetz fallen und als Nistplätze der Gelbschnabel-Sturmtaucher unter Schutz stehen, sind: - Die Küste von Corvo - Die Ilhéu da Vila mit der angrenzenden Küste von Santa Maria. Auf São Miguel gibt es keine besonderen Schutzgebiete von Nistplätzen der Gelbschnabel-Sturmtaucher.
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